CENTRO DE BIOLOGIA ESTRUCTURAL
Humberto Fernández-Morán
Seminarios Externos

Prof. PETER ROEPSTORFF
Departamento de Bioquímica y Biología Molecular
De la Universidad de Dinamarca del Sur.

"PROTEOMICS, WHERE ARE WE, POSSIBILITIES AND LIMITATIONS"

31 de octubre de 2011

El Conferencista:

El Prof. Peter Roepstorff es reconocido a nivel mundial como uno de los gestores e impulsores de la proteómica como versión de alto rendimiento de procesamiento de la Bioquímica. En su laboratorio se han formado muchos de los grandes trabajadores del área y cuenta con mas de 450 publicaciones en la materia. Adicionalmente es un gran asesor y colaborador a nivel internacional.

La Conferencia:

La proteómica se basa en la combinación de la información de la secuencia genómica con la información generada por Espectrometría de Masas (MS) en identificaciones a gran escala de las proteínas y sus modificaciones. En la conferencia se indicarán las distintas técnicas y sus alcances mediante ejemplos.


Abstract:

Proteomics is based upon combining the information from genome sequencing with the information generated by MS for large scale identification of proteins and their modifications. Two strategies dominate in proteomics, one based on separation or the proteins by 2D-PAGE prior to protein identification and characterization by mass spectrometry, the other based on proteolytic digestion of all the proteins in a sample followed by separation and sequencing of the resulting peptides by multidimensional LC-MS. A number of intermediate strategies are also used. Different strategies will be described and their strengths and limitations evaluated for the use on different levels in peptide and protein characterization and proteomics. Assignment of post translational modifications is a special challenge because these often are present in sub-stoichiometric amounts and consequently are low abundant. MS is also a powerful tool for studies of proteins for which no sequence information is available in databases. In this case de novo sequencing is required for subsequent identification by homology search or for cloning.


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